באולמות הספרייה ישנם מספר אוספים מיוחדים:

• 
  

   

  אוסף ספרים נדירים
  מכיל כ-20 אלף ספרים נדירים ומעל 1,200 כתבי-יד
  
  למידע נוסף

• 
  

   

  אוסף ביבליאה
  מכיל מעל 200 תנ"כים נדירים בשפות שונות

  מיקום: אולם הקריאה - כוננית 2

• 
  

   

  עבודות מחקר 
  מכיל מעל 5000 עבודות מחקר לתואר שני ושלישי 
  שנכתבו במסגרת הפקולטה למדעי היהדות.

  מיקום: אולם הקריאה -  כוננית 8

• 
  

   

  אוסף ספרות ילדים
  מכיל כ- 4000 ספרי ילדים.
  
  מיקום:  מרחב למידה

• 
  

   

  אוסף ספרים ביידיש
  מכיל כ-8000 ספרים הכתובים בשפה היידיש.
  
  מיקום: מרחב למידה
   

• 
  

   

  אוסף ספרות רוסית ישראלית
  מכיל כ- 500 ספרים הכתובים בשפה הרוסית ועוסקים בחברה הישראלית.
  
  מיקום: מרחב למידה
   

• 
  

   

  אוסף זיעורים
  אוסף זיעור של ספרים, עיתונים וכתבי יד  
  
  מיקום: אולם הקריאה
  
  למידע נוסף

• 
  

   

  ספרי עזר כלליים
  בספרייה ניתן למצא ספרי עזר כגון אטלסים, אנציקלופדיות,
  מדריכים, מילונים ועוד. 
  
  מיקום:  בכל אוספי הספרייה

• 
  

   

  אוסף מפות
  אוסף מפות של ארץ ישראל המיועדות למטרות מחקר שונות.
  
  מיקום: אולם הקריאה.

  ישנן גם אוסף מפות עתיקות בחדר הספרים הנדירים